どういうエラーが表示されて、何が再生されないのか(ネットで購入した曲 or CDから録音した曲など)、ご質問の内容からだと詳細な状況まで分からないのですが、バックアップツールでSonicStageのデータバックアップ/リストアを行なっていないことが原因のように思われます。
以下のQ&Aにも一部記載がありますが、SonicStageの曲データそのものはDドライブにあっても、権利情報等はシステム側で保存しているため、システムリカバリをすると再生できなくなってしまいます。
[SonicStage Ver.2.*] データをバックアップ・復元する方法
http://search.vaio.sony.co.jp/google/solution/S0404130016622/index.html
ネットで購入した曲については、配信サービスによっては無料で再ダウンロードさせてくれるところもあるかもしれませんが、CDから録音した曲については再度録音し直すしかないように思います。