私も、過去にリカバリを行うと、同じVAIOで保存したはずの
音楽ファイルが、再生できなくなってしまったことがあります。
あくまで”恐らく”なのですが、著作権情報は、ファイルの保存
フォルダとは別な所に書き込まれていると思うので、今回のような
時には、専用のバックアップツール（OpenMG Jukebox バックアップツール）
等を使わないと、再生できなくなってしまうようです。

参考：http://vcl.vaio.sony.co.jp/products/common/note/info6.html

どういうエラーが表示されて、何が再生されないのか(ネットで購入した曲 or CDから録音した曲など)、ご質問の内容からだと詳細な状況まで分からないのですが、バックアップツールでSonicStageのデータバックアップ/リストアを行なっていないことが原因のように思われます。

以下のQ&Aにも一部記載がありますが、SonicStageの曲データそのものはDドライブにあっても、権利情報等はシステム側で保存しているため、システムリカバリをすると再生できなくなってしまいます。

[SonicStage Ver.2.*] データをバックアップ・復元する方法
http://search.vaio.sony.co.jp/google/solution/S0404130016622/index.html

ネットで購入した曲については、配信サービスによっては無料で再ダウンロードさせてくれるところもあるかもしれませんが、CDから録音した曲については再度録音し直すしかないように思います。

これは、Huxford さんが書いているように「OpenMGの著作権保護」の問題ではなく、SonicStageの管理DBがリカバリにより初期化された事によるものです。SonicStageは、音楽データだけでは再生できません。音楽データをSonicStageにインポート（録音）した際にデータベース化され管理する仕組みなので、SonicStage専用のバックアップツールでバックアップしておかなければなりません。
残念ですが、再生は出来ません。
定期的にバックアップする事をおすすめします。